本书系统地介绍使用treeio、tidytree、ggtree和ggtreeExtra等R软件包操作系统发育树的全套流程，包括对树文件的解析，以及树与其相关数据的操作、整合、可视化等内容。本书由余光创撰写，旨在为系统发育树的操作与呈现提供指导，如果读者需要进行系统发育树的相关操作，却又觉得无从下手，那么这本书会提供很大的帮助。

1、怎样找到菌的相似序列,怎样做细菌 系统 发育树?

寻找相似序列一般可以通过NCBI网站上的BLAST搜索来完成，你提交的序列应该是Fasta格式:> nameaattccggaattccgg关于系统 发育树构建:多序列比较推荐ClustalX构建NJ或MP树，MEGA就够了。非常方便。如果要构建ML树，建议用phyML构建贝叶斯树。如果不是专业成就，MEGA就够了。建议参考以下文章:一、引言在开始写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样一篇文章？

我希望解决什么样的问题？带着这样的疑问，我随便在DXY上以“进化分析求助”为关键词搜索了一下，居然有289个相关的帖子(2006年9月12日)。但以“进化分析”和“进化”为关键词，分别找到2733个和7724个相关帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，我这里保守估计大概3000 ~ 4，

2、如何构建 系统 发育树

1。准备序列文件，准备fasta格式序列文件(fasta格式:大于号>)，后面是序列名，再后面是换行符后的序列。例子如下)，每个序列可以是一个单独的文件，或者所有序列可以放在同一个文件中。核酸序列:> sequence1 _ namectggctcagatgaagct氨基酸序列:> sequence 2 _ namemqspnsfkkalaegrtqigf 2，多序列比对打开MEGA5，单击“对齐”，选择“编辑/构建对齐”，选择“创建对齐”，然后单击“确定”。